มูลนิธิเพื่อศูนย์กลางอิสลามแห่งประเทศไทย เป็นความคิดริเริ่มของกลุ่มผู้ก่อตั้งที่ต้องการสร้างความเป็นปึกแผ่นของศาสนาอิสลามให้เกิดขึ้นในประเทศไทย โดยการจัดตั้งสถานที่สำหรับประกอบพิธีกรรมทางศาสนาเป็นที่ชุมนุมของชาวมุสลิมทั้งประเทศได้เข้าร่วมประกอบพิธีร่วมกัน ซึ่งโดยปกติแล้วชาวมุสลิมที่แยกย้ายกันอยู่ตามเขตและหมู่บ้านต่างๆ หรือตามต่างจังหวัด มักจะมีมัสยิดย่อยประจำชุมชนแต่ละชุมชน ไม่มีที่รวมตัวกันอย่างเป็นปึกแผ่นหรือถาวรเป็นส่วนกลาง ดังนั้นสถานที่แห่งนี้จึงจัดตั้งขึ้นเพื่อเป็นศูนย์กลางอิสลามระดับชาติแทนกลุ่มมุสลิมในเมืองไทย หรือเป็นศูนย์กลางของการติดต่อระหว่างมุสลิมระดับชาติ อีกทั้งยังเป็นสถานที่ประกอบพิธีทางศาสนาในวาระสำคัญ คือวันศุกร์และวันตรุษทั้ง 2 หรือเป็นที่พบปะสังสรรค์แลกเปลี่ยนความคิดเห็นหรือเหตุการณ์ต่างๆ เช่น ความเคลื่อนไหวของสถานการณ์โลก รวมถึงเป็นสถานที่ให้ความรู้เกี่ยวกับศาสนาอิสลามในด้านต่างๆ ในปี พ.ศ. 2511 เป็นช่วงระยะเวลาแห่งการเปลี่ยนแปลงสู่อารยธรรมสากล ในช่วงเวลานี้มุสลิมในกรุงเทพฯ ต้องปรับโลกทัศน์ให้สอดคล้องกับการเปลี่ยนแปลงที่เกิดขึ้นทั้งในระดับประเทศและระดับโลก โดยเชื่อมโยงกับความเป็นสากลแทนการอิงกับวัฒนธรรมท้องถิ่นเช่นเดิม วิถีชีวิตที่เปลี่ยนไปส่งผลให้มุสลิมในกรุงเทพฯ ให้ความสำคัญกับการศึกษาเพิ่มขึ้นเป็นอย่างมาก บัณฑิตมุสลิมที่จบการศึกษาทั้งด้านการศาสนาและวิชาสามัญเป็นกลุ่มใหม่ที่มีบทบาทสำคัญในการพัฒนาสังคมและการออกแบบมัสยิด โดยได้รับอิทธิพลจากสถาปัตยกรรมสมัยใหม่ ชุมชนมุสลิมต้องการมัสยิดที่เป็น "ศูนย์กลางชุมชน" ในรูปแบบใหม่ที่รองรับกิจกรรมที่เพิ่มขึ้นรวมทั้งแสดงอัตลักษณ์ทางด้านวัฒนธรรมได้มากขึ้นผ่านทางรูปแบบ "สถาปัตยกรรมอิสลาม" ที่หลากหลาย ชุมชนมุสลิมในกรุงเทพฯ จึงเลือกรูปแบบของสถาปัตยกรรมที่ดีที่สุดในการสร้างมัสยิด ในฐานะที่เป็น "บ้านของพระเจ้า" อาจารย์ไพจิตร พงษ์พรรฤกษ์ เป็นสถาปนิกผู้ออกแบบโครงการ "มัสยิดศูนย์กลางอิสลามแห่งประเทศไทย" มีความเห็นว่าโครงการนี้เป็นโครงการใหญ่ระดับชาติ เป็นมัสยิดศูนย์รวมของชาวไทยมุสลิมทั้งประเทศในการปฏิบัติศาสนกิจประจำวัน ประจำสัปดาห์ และในวันตรุษประจำปีทั้ง 2 จะต้องเป็นอาคารขนาดใหญ่จุคนจำนวนมากและมีรูปแบบที่นำสมัยล้ำยุค เพื่อให้สอดคล้องกับความเจริญก้าวหน้าทางเทคโนโลยีในการก่อสร้างยุคใหม่ และมีเอกลักษณ์เฉพาะตัวของสถาปัตยกรรมแบบอิสลาม การจัดหาสถานที่และเงินทุน ได้สะสมจากการบริจาคของชาวมุสลิมในประเทศไทย และการบริจาคที่ดินของเอกชน รวมถึงการช่วยเหลือจากหน่วยงานของรัฐ รวมกันทีละน้อยจนกลายเป็นเงินก้อนใหญ่เพียงพอที่จะสร้างมัสยิดได้ในที่สุด โดยมีการสร้างบนเนื้อที่ของมูลนิธิฯ ขนาด 10 ไร่เศษ มีการเริ่มตอกเสาเข็มวางรากฐานอาคารโดย ฯพณฯ จอมพล ถนอม กิติขจร อดีตนายกรัฐมนตรี เป็นประธานในพิธี เมื่อปี พ.ศ. 2514 (ข้อมูลจาก : มูลนิธิเพื่อศูนย์กลางอิสลามแห่งประเทศไทย)